Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) merupakan kegiatan sistematik Penjaminan Mutu Pendidikan tinggi oleh setiap perguruan tinggi untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan. Penjaminan mutu pada pendidikan tinggi dilakukan melalui penetapan, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian, dan peningkatan Standar Pendidikan Tinggi (SPT).
SPMI yang dilaksanakan oleh Politeknik Pelayaran Surabaya adalah menjamin pemenuhan Standar Nasional Dikti secara sistemik dan berkelanjutan sehingga tumbuh dan berkembang budaya mutu di setiap Program Studi di Politeknik Pelayaran Surabaya.
Menurut UU Nomor 12 Tahun 2012 Pasal 54, dan dijelaskan kembali pada SN Dikti, Permendikbud Nomor 3 Tahun 2020, standar Nasional Pendidikan Tinggi meliputi satuan standar :
Melalui pelaksanaan SPMI, Politeknik Pelayaran Surabaya diharapkan mampu mencapai Visi dan Misi yang telah ditetapkan pada Statuta Politeknik Pelayaran Surabaya.