Satuan Penjaminan Mutu sebelumnya disebut Perwakilan Manajemen Mutu. Sebutan tersebut berubah menjadi Satuan Penjaminan Mutu (SPM) berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan RI Nomor 44 Tahun 2016, dan diperbarui dalam Peraturan Menteri Perhubungan RI Nomor 110 Tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Pelayaran Surabaya. Berdasarkan Peraturan Menteri Nomor 13 Tahun 2017 tentang Statuta Politeknik Pelayaran Surabaya, Satuan Penjaminan Mutu merupakan unsur pembantu pimpinan di bidang dokumentasi, pemeliharaan, dan pengendalian sistem manajemen mutu. Satuan Penjaminan Mutu dipimpin oleh seorang Kepala yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Direktur.